기업부설연구소 설립하면 취득세, 재산세 얼마나 감면될까? - 요건, 신청 자격, 감면율

기업은 이윤을 많이 남겨야합니다. 그리고 그 이윤을 남기려면 연구를 많이해서 좋은 제품을 만들어야겠죠?

기업부설연구소에 대한 세제혜택은, 그러한 역할의 중요성을 알고 있기 때문에 주는 거라고 생각합니다. 

좋은 기업부설연구소가 활성화 되어, 결국 우리나라를 성장하는데 일조하기 때문이죠!

그럼 그러한 기업부설연구소 설립과 관련된 세제혜택을 함께 살펴보아요!

법인 절세 · 2026년

연구소 전용 부동산을 취득하거나 보유하는 법인에게는 지방세 감면이라는 숨겨진 혜택이 있습니다. 기업 규모별 감면율, 신청 자격, 2026년 달라진 내용, 놓치면 손해인 추징 주의사항까지 정리했습니다.

 

📅 2026년 기준 🏷 지방세특례제한법 제46조

핵심 숫자로 보는 감면 혜택

지방세특례제한법 제46조에 따라 기업부설연구소 전용 부동산에는 취득세와 재산세가 별도 감면됩니다. 중소기업 기준 취득세 최대 75%, 재산세 최대 65%까지 줄일 수 있습니다.

중소기업 취득세

최대 75%

기본 60% + 신성장·국가전략기술 +15%

중소기업 재산세

최대 65%

기본 50% + 신성장·국가전략기술 +15%

중견기업

최대 65%

취득세·재산세 동일 (추가 감면 포함)

감면 일몰

2028.12.31

2025년 말 종료 → 3년 연장 확정

감면 대상 세목

🏢

취득세

부동산 취득 시 1회

📋

재산세

보유 기간 매년 지속

💡 취득세는 1회, 재산세는 매년

취득세 감면은 부동산을 처음 취득할 때 한 번 적용되고, 재산세 감면은 연구소 요건을 유지하는 한 해마다 계속 혜택이 이어집니다. 장기 보유할수록 재산세 누적 절세 효과가 커집니다.

우리 법인 감면율, 이렇게 확인하세요

감면율은 기업 규모와 연구소 입지에 따라 다릅니다.

중소기업이 가장 높은 혜택을 받으며, 대기업은 입지 조건이 까다롭습니다.

기업 유형	취득세	재산세	입지 조건
중소기업	60%	50%	전국 적용
중견기업	50%	50%	전국 적용
일반 법인	35%	35%	비수도권 한정
대기업(상호출자제한)	35%	35%	과밀억제권역 외 한정

신성장동력·원천기술 또는 국가전략기술(반도체, 이차전지, 디스플레이 등) 분야로 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 통과하면 위 기본 감면율에 15%가 추가로 공제됩니다.

⚠️ 수도권 대기업은 감면 제외 

상호출자제한기업집단이 수도권 과밀억제권역 내에 설치하는 연구소는 이 감면 대상에서 제외됩니다. 서울·수도권 핵심 지역에 연구소를 설립하는 대기업이라면 반드시 사전에 입지 조건을 확인하세요.

신청 자격 — 이 세 가지를 먼저 확인하세요

감면을 받으려면 단순히 연구 조직이 있다는 것만으로는 부족합니다.

아래 세 가지 요건을 모두 충족해야 합니다.

1

한국산업기술진흥협회(KOITA)에 기업부설연구소로 정식 인정받았거나, 부동산 취득 후 1년(신축 토지는 2년) 이내에 인정받을 예정인 법인

2

해당 부동산을 기업부설연구소 전용으로 취득했거나 과세기준일(6월 1일) 현재 연구소에 직접 사용 중인 경우. 타 용도로 취득 후 용도를 바꾸는 방식은 인정되지 않음

3

부속 토지의 경우 건물 바닥면적의 7배 이내 면적에 해당하는 토지일 것. 7배 초과분은 감면 대상에서 제외

혼합 용도 건물은 어떻게 되나요?

같은 건물에 연구소와 사무실이 함께 있다면, 연구소 전용 면적에 해당하는 비율만큼만 감면이 적용됩니다. 연구소 면적을 도면으로 명확히 구분하고 KOITA 인정서에 기재된 면적과 일치시켜야 합니다. 과세 분쟁을 막으려면 처음부터 명확히 구분해두는 것이 중요합니다.

✅ 재산세는 매년 신청 

재산세 감면은 자동 적용이 아닙니다. 매년 6월 1일(과세기준일) 이후 재산세 고지 시 연구소 직접 사용 사실을 증빙하는 서류와 함께 관할 지자체에 감면 신청서를 별도로 제출해야 합니다.

2026년 달라진 점 — 신청 전 반드시 확인

① 감면 일몰 2028년까지 3년 연장

2025년 말 종료 예정이었던 감면 제도가 2028년 12월 31일까지 연장됐습니다. 2026~2028년에 연구소 설립을 계획 중인 법인도 동일한 혜택을 받을 수 있습니다.

② 국가전략기술 분야 추가 15% 감면 신설

반도체·이차전지·디스플레이·첨단 바이오 등 국가전략기술 분야가 신성장동력·원천기술과 동일하게 기본 감면율에 15% 추가 공제 대상이 됐습니다. 이 혜택은 연구소 인정일로부터 3년 이내에 연구개발세액공제기술심의위원회에 심의를 신청해 해당 기술 분야임을 확인받아야 적용됩니다.

③ 신축 부동산 직접 사용 개시 기간 완화

신축 건물의 부속 토지에 대한 취득세 감면 후 추징 기준이 기존 취득일로부터 1년 이내에서 2년 이내로 완화됐습니다. 공사 기간이 긴 신축 프로젝트의 경우 추징 리스크가 그만큼 줄어들었습니다.

구분	2025년까지	2026년 이후
감면 일몰	2025.12.31	2028.12.31 연장
국가전략기술 추가 감면	미적용	+15% 신설
신축 직접사용 개시 기간	1년 이내	2년 이내로 완화

감면 후 추징 — 이런 경우 세금이 돌아온다

감면 혜택을 받은 이후에도 아래 사유가 발생하면 감면받은 세액이 추징됩니다.

사후 관리를 소홀히 하면 가산세까지 더해진 금액이 한꺼번에 청구될 수 있습니다.

🚨 추징 시 가산세 포함 

감면받은 취득세 또는 재산세가 추징될 때는 원래 세액에 이자 상당의 가산세가 함께 부과됩니다. 감면 요건을 유지하지 못하면 처음부터 감면을 받지 않은 것보다 더 큰 부담이 생길 수 있습니다.

주요 추징 사유 요약

!

부동산 취득 후 1년(신축 토지는 2년) 이내에 기업부설연구소 인정을 받지 못한 경우 → 감면된 취득세 전액 추징

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연구소 설치 후 4년 이내에 연구소를 폐쇄하거나 타 용도로 전환한 경우 → 감면된 취득세 전액 추징

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신성장·국가전략기술 추가 감면을 받았으나 연구소 인정일로부터 3년 이내에 심의위원회 심의를 통과하지 못한 경우 → 추가 감면분(15%)만 추징

✅ M&A·조직 개편 시 특히 주의 — 기업 인수합병이나 사업 구조 재편 과정에서 기업부설연구소가 법적으로 폐쇄 처리되는 경우가 있습니다. 이 경우에도 4년 이내라면 추징 대상이 되므로, 구조 변경 전 반드시 세무 전문가와 연구소 지위 유지 여부를 확인해야 합니다.

감면 후 추징까지, 설명을 드렸습니다. 

여기서 특히 주의해야할 점!! 기업부설연구소로 취득시 감면을 받을 경우, 사후 유지요건을 잘 챙기셔야 합니다. 연구소 설치 후 4년동안은 안정적으로 연구 전용으로만 사용해야한다는 점! 잊지 마세요!! 잊으면... 추징입니다...!!

 

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본 글은 2026년 6월 기준 지방세특례제한법 제46조 내용을 바탕으로 작성되었습니다. 개별 기업의 구체적인 적용 여부는 관할 세무서 또는 세무 전문가에게 확인하시기 바랍니다.